Publication

These are several publications focus on indigenous hepatitis virus. From these paper we can learn about genotype and or subgenotype of hepatitis C virus and hepatitis B virus that are specificaly found in Indonesia. All of the research were lead by Andi Utama, virus researcher from Mochtar Riyadi Institute for Nanotechnology (MRIN), Indonesia.

Here are the paper you  may read in full text :

1. Hepatitis C Virus Genotype in Blood Donors and Associated Liver Disease in Indonesia. Click here.

2. Hepatitis B virus genotypes/subgenotypes in voluntary blood donors in Makassar, South Sulawesi, Indonesia. Click here.

3. Hepatitis B virus subgenotypes and basal core promoter mutations in Indonesia. Click here.

Detailed information and data may be checked in MRIN website.

Iklan

Kontroversi Kloning

T. Puteri Q, I. L. Agustina, I. O. Susilawati, N. Fitri, W. Sulistiono, M. N. Ihdal, W. T. Ambara, F. D. Sulistiyono, dan T. M. Lawati

Pendahuluan

Isu kloning menimbulkan kontroversi setelah proyek kloning domba Dolly tahun 1996 menjadi awal ‘keberhasilan’ kloning pada mamalia. Banyak kalangan, termasuk kalangan ilmuwan dan agamawan memperdebatkan berkembangnya teknik kloning untuk membuat duplikasi manusia. Akan tetapi, pengembangan kloning baru-baru ini ke arah pengobatan atau teurapeutik menjadi bahan pertimbangan tersendiri karena memberi manfaat yang sangat besar terhadap manusia. Oleh sebab itu, isu kloning perlu dikaji dan dibahas dengan mempertimbangkan 4 nilai dasar moral (4 basic moral principles) agar dapat memberikan tindakan dan keputusan yang bijak. Beberapa isu kloning yang dibahas dalam paper ini ialah reproduksi manusia, kloning theurapeutik, produksi unggas ungul, dan upaya konservasi hewan.

Baca lebih lanjut

KAJIAN BIOETIKA: KONDISI ORANG UTAN INDONESIA

Sekilas tentang Orang utan

Orang utan merupakan mamalia langka khas Indonesia yang hidup dan beradaptasi di hutan dataran rendah. Orang utan merupakan bagian dari kekayaan biodiversitas dunia. Kedua spesies orang utan, yakni orang utan Sumatera dan orang utan Kalimantan merupakan 2 dari 6 spesies kera besar yang hidup di dunia. Kehidupannya yang mirip dengan manusia, menjadikan orang utan sebagai mamalia penghuni pohon terberat di dunia.

Tempat hidup alami orang utan adalah tajuk-tajuk pohon yang tinggi. Hampir seluruh hidupnya dihabiskan di tempat tersebut. Orang utan hidup dengan membuat sarang dari satu tajuk  ke tajuk pohon lainnya. Ia makan buah-buahan, dedaunan, kulit kayu, dan serangga. Semenjak bayi, orang utan diajarkan induknya keterampilan sederhana untuk bertahan hidup di hutan. Keterampilan tersebut meliputi penggunaan alat-alat sederhana dan cara hidup di pohon.

Akan tetapi, kelestarian orang utan kini terancam punah. Pangkal penyebabnya adalah kerusakan hutan. Manusia mengkonversi hutan menjadi kebun-kebun kelapa sawit dan menanami lahan yang tersisa dengan  pohon berkayu yang cepat tumbuh, seperti Eucalyptus sp. dan Acacia sp. Menghilangnya tajuk-tajuk yang tinggi berarti menghilangkan habitat asli orang utan. Orang utan yang tidak sanggup beradaptasi akan mati atau terusir. Demi mempertahankan hidupnya, orang utan terpaksa mencari makanan ke kebun-kebun di tepian hutan. Hal tersebut menimbulkan konflik antara orang utan dengan para petani dan pekerja perkebunan. Orang utan yang tertangkap akan segera ditembak di tempat.

Kehidupan orang utan di antara tajuk pohon yang tersisa masih menyisakan ancaman yang sangat tinggi. Para pemburu menembak mati induk orang utan yang sedang mengasuh bayinya. Bayi orang utan piatu yang kehilangan induknya, diambil dan diperdagangkan secara ilegal. Umumnya, bayi orang utan dipelihara lalu ditelantarkan setelah tumbuh menjadi individu dewasa yang pemarah. Sebagian lainnya, dieksploitasi demi kesenangan manusia. Tercatat, jumlah orang utan yang dimiliki secara ilegal meningkat per tahunnya. Hal ini menunjukan, keberadaan orang utan sebagai simbol kelestarian hutan Indonesia diambang kepunahan. Jika kerusakan hutan dibiarkan terus menerus, orang utan akan punah bersama musnahnya hutan alam Indonesia.

Baca lebih lanjut

Tips mencampurkan bahan-bahan PCR pada tube

Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam mencampurkan bahan-bahan PCR, antara lain sebagai berikut:

1. Semua bahan harus diletakan secara terpisah pada dinding tube, kecuali akuades. Hal ini dilakukan untuk menghindari pencampuran bahan sebelum kondisi PCR dioptimasi/ diatur.

2. Bahan-bahan yang terdiri dari DNA template, MgCl2, Taq buffer, dNTP’s, dan Taq polimerase dapat dicampurkan dalam dinding tube selama preparasi bahan PCR.

3. Forward primer dan reverse primer harus diletakan agak berjauhan.

4. Akuades dapat diletakan di dasar tube.

Isolasi Genom Bakteri Gram Positif

Teknik kerja isolasi genom secara umum terdiri dari tiga tahap, yakni pemanenan pelet, pelisisan sel bakteri untuk  mendapatkan DNA, pemisahan dan pemekatan DNA.

Gambar 1 menjelaskan tentang teknik pemanenan pelet. Tahap ini ditujukan untuk mendapatkan pelet yang terpisah dari media pertumbuhannya. Pelet ditimbang pada kisaran tertentu yang disesuaikan dengan konsentrasi lisozim dalam pelisisan sel. Konsentrasi lisozim yang digunakan ialah 6 mg/200 mL TE. Massa pelet yang efektif dilisis dengan konsentrasi demikian berkisar antara 20-30 mg.

Gambar 2 menjelaskan tentang teknik pelisisan sel bakteri positif untuk  mendapatkan DNA. Bahan-bahan yang harus disiapkan antara lain TE-lisozim, lisis solution, cold chloroform, precipitation solution, ddH2O dan pelet sel yang diperoleh dari tahap sebelumnya. Pelisisan sel bakteri Gram positif, seperti B.subtilis, memerlukan perlakuan khusus karena memiliki dinding sel yang tebal. Pemberian TE-lisozim pada pelet akan mencerna dinding sel bakteri. Homogenisasi atau vorteks setelah pemberian lisozim harus sampai larut supaya enzim bekerja merata dan efektif.

Baca lebih lanjut

Peremajaan dan Preparasi Kultur E.coli DH5α Hasil Transformasi untuk isolasi plasmid

Sebelum melakukan isolasi plasmid, ada bahan penting yang harus kita siapkan minimal sehari sebelum kerja. Apakah itu? Yupz, kultur mikroba transforman. Pada teknik transformasi yang pernah saya kerjakan, saya menggunakan E.coli DH5α sebagai sel kompeten dalam kloning. So, yang akan kita siapkan untuk isolasi plasmid ialah kultur hasil transformasi pada E.coli DH5α.  Berikut ini teknis kerjanya:

Peremajaan dan Preparasi Kultur E.coli DH5α Hasil Transformasi untuk isolasi plasmid

Isolasi Plasmid pada Transforman yang membawa pG-xynA

Isolasi plasmid diawali dengan screening koloni putih-biru pada media Amp+X-gal+IPTG. Positive clone pG-xynA yang membentuk koloni berwarna putih pada media selektif Amp+X-gal+IPTG direkultur ke media cair Luria Berthani. Setelah inkubasi 1×24 jam pada temperatur ruang, hasil rekultur diambil sebanyak 1,5 ml untuk isolasi plasmid, sedangkan sisanya dibuat stok gliserol. Setelah stok transforman tersedia, disiapkan bahan-bahan yang akan digunakan dalam isolasi plasmid. Bahan-bahan yang dapat disiapkan lebih awal antara lain solution I, dan solution III. Mix TE-RNAse, mix enzim restriksi, dan solution II harus disiapkan sesaat sebelum digunakan atau freshly prepared karena bahan-bahan tersebut sangat peka terhadap perubahan temperatur.

Berikut ini komposisi bahan-bahan yang saya gunakan ketika PKL  di Laboratorium CBRG, LIPI Bioteknologi.

 

 

 

 

 

 

Ket: 1unit enzim dapat memotong 1 μg/jam.
Mix enzim restriksi untuk 1x reaksi = 1,0  µl untuk sampel sebanyak 4 µl.

 

 

 

Setelah bahan-bahan yang dibutuhkan tersedia, isolasi plasmid bisa segera dilakukan.

urutan kerja isolasi plasmid

Jika hasil elektroforesis menunjukkan 2 pita di ukuran 3018 bp (ukuran pGEM-T Easy) dan 1266 bp (ukuran gen xynA) ligasi dinyatakan berhasil.

–Gimana? Agak rebet kah? atau justru mudah? Well, untuk mengerjakan aktivitas Lab yang berkaitan dengan bahan-bahan supersensitif seperti DNA dkk perlu kesabaran tinggi. Karena seringkali meski kita sudah berhati-hati, adaaa saja yang membuat si benda kecil tersebut gag mau nongol saat elektroforesis. Kalau ini terjadi, tetep semangat yah!!! JANGAN MENYERAH…….

Aza aza fighting!!!—